Kövesd Te is az interneten a legfrissebb tudományos cikkeket!
2013.09.02 23:01
Az NCBI (National Center for Biotechnology Information) az élettudományok – bioinformatika egyik elsőként indított, kereszthivatkozásokkal tarkított, srtuktúrált, kereshető adatbázisgyűjteménye. Napról-napra frissül, bővül. Claude Pepper egyesült államokbeli szenátor volt az első, aki felismerte, hogy az informatika tudománya nagyban hozzájárulhat az élettudományok fejlődéséhez. Tette mindezt 1988-ban, amikor kezdeményezésére – az Egyesült Államokban – megalakult az NCBI, a National Library of Medicine részeként a National Institute of Health épületében.
Az NCBI alapvetően adatbázisokból áll. Az adatbázisokhoz az adatokat a világ minden részén dolgozó kutatók szolgáltatják. Ezek az adatok képezik az úgynevezett elsődleges adatbázisokat, amelyek a kísérletezés inherens tulajdonságánál fogva hibákkal terheltek, ezekért a kutatók vállalják a felelőséget. Az NCBI csapata ebből másodlagos (származtatott) adatbázisokat készít, amelyekben a hibákat és a redundanciát – a sok adat összehasonlításával – szűrik ki. Az adatbázisok elemei a rekordok. A külön adatbázisok (szakirodalmi, nukleotid szekvencia, gén, genom, taxonómiai, struktúra, protein, expressziós, kémiai) egymáshoz tartozó elemei linkek révén vannak összekapcsolva, így például egy fehérje találatról közvetlen az azt kódoló génre ugorhatunk. Az összes adatbázis összes rekordja között egy integrált keresőmotor (az Entrez) segítségével kereshetünk.
Az NCBI adatai ingyenesen hozzáférhetők, az egészet az amerikai állampolgárok pénzén tartják fent. Eredetileg a Human Genome Project adatai képezték alapját, míg a versenytárs Craig Venter a Celera Genomics vezére pénzért árulja saját honlapjukon az információt. A két esetben az információk csak igen kis mértékben térnek el egymástól, ami ekkora adatmennyiségnél természetes.
Az NCBI nap mint nap kicseréli adatait Európa (EBI) és Japán (DDJB) hasonló adatbázisgyűjteményével, ezért ezek egymást biztonsági másolatainak is tekinthetők, bár mindegyik adatbázis-halmaz önmagában is több tartalékszerverrel rendelkezik.
Az NCBI – az adatbázisokon túl – igen kiterjedt online oktatással szolgál, mind a molekuláris biológia, mind a maga használatát illetően (NCBI Handbook). Másrészről számos online algoritmus elérhető, amelyek segítségével az adatbázisok adatainak feldolgozását jelentősen megkönnyíti (pl. a nukleotid szekvenciák összehasonlítását elvégző BLAST program). Az NCBI szolgáltatásait annak webes felületén (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/), FTP és email útján is igénybe vehetjük. Sőt, a programok letölthetők a szerverről, így azok saját gépünkön is futtathatók.
Az NCBI egyik leginkább használt adatbázisa a PubMed, az élettudományok területén dolgozó kutatók leggyakrabban használt szakirodalmi adatbázisa. A PubMed-ben a témára utaló keresőszavakkal, a szerzők nevével, tudományos folyóiratok nevével keresve vagy a citációs hálózat elemein ugrálva juthat el a releváns tudományos közleményhez a kutató. Például, Dr. Nagy Zsolt esetében, ha az adatbázis keresőbe beütjük a „NAGY ZB” nevet, akkor rákereshetünk Dr. Nagy Zsolt tudományos közleményeire. Ugyanezt tehetjük Dr. Joó József Gábor („JOO JG”), vagy Dr. Varga-Orvos Zoltán („VARGA-ORVOS Z”)) esetében is. A találatok file-ként menthetők, az erre a keresésre adott jövőbeli találatokat email értesítésként megkaphatjuk. A PubMed a sok cikkről az alapvető adatokon túl, csak annak absztraktját közli. Más kérdés, hogy számos cikk azonban ingyenesen hozzáférhető a PubMed részeként működő PubMed Central-ba mutató link segítségével. Összességében tehát az NCBI a élettudományok területén dolgozó kutatók egyik leggyakrabban használt adatbázisa, amellyel minden erre a pályára készülő diáknak ajánlott megismerkednie.
Dr. Varga-Orvos Zoltán
Oktatási felelős
Kövesd Te is az interneten a legfrissebb tudományos cikkeket!
Az NCBI alapvetően adatbázisokból áll. Az adatbázisokhoz az adatokat a világ minden részén dolgozó kutatók szolgáltatják. Ezek az adatok képezik az úgynevezett elsődleges adatbázisokat, amelyek a kísérletezés inherens tulajdonságánál fogva hibákkal terheltek, ezekért a kutatók vállalják a felelőséget. Az NCBI csapata ebből másodlagos (származtatott) adatbázisokat készít, amelyekben a hibákat és a redundanciát – a sok adat összehasonlításával – szűrik ki. Az adatbázisok elemei a rekordok. A külön adatbázisok (szakirodalmi, nukleotid szekvencia, gén, genom, taxonómiai, struktúra, protein, expressziós, kémiai) egymáshoz tartozó elemei linkek révén vannak összekapcsolva, így például egy fehérje találatról közvetlen az azt kódoló génre ugorhatunk. Az összes adatbázis összes rekordja között egy integrált keresőmotor (az Entrez) segítségével kereshetünk.
Az NCBI nap mint nap kicseréli adatait Európa (EBI) és Japán (DDJB) hasonló adatbázisgyűjteményével, ezért ezek egymást biztonsági másolatainak is tekinthetők, bár mindegyik adatbázis-halmaz önmagában is több tartalékszerverrel rendelkezik.
Az NCBI – az adatbázisokon túl – igen kiterjedt online oktatással szolgál, mind a molekuláris biológia, mind a maga használatát illetően (NCBI Handbook). Másrészről számos online algoritmus elérhető, amelyek segítségével az adatbázisok adatainak feldolgozását jelentősen megkönnyíti (pl. a nukleotid szekvenciák összehasonlítását elvégző BLAST program). Az NCBI szolgáltatásait annak webes felületén (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/), FTP és email útján is igénybe vehetjük. Sőt, a programok letölthetők a szerverről, így azok saját gépünkön is futtathatók.
Az NCBI egyik leginkább használt adatbázisa a PubMed, az élettudományok területén dolgozó kutatók leggyakrabban használt szakirodalmi adatbázisa. A PubMed-ben a témára utaló keresőszavakkal, a szerzők nevével, tudományos folyóiratok nevével keresve vagy a citációs hálózat elemein ugrálva juthat el a releváns tudományos közleményhez a kutató. Például, Dr. Nagy Zsolt esetében, ha az adatbázis keresőbe beütjük a „NAGY ZB” nevet, akkor rákereshetünk Dr. Nagy Zsolt tudományos közleményeire. Ugyanezt tehetjük Dr. Joó József Gábor („JOO JG”), vagy Dr. Varga-Orvos Zoltán („VARGA-ORVOS Z”)) esetében is. A találatok file-ként menthetők, az erre a keresésre adott jövőbeli találatokat email értesítésként megkaphatjuk. A PubMed a sok cikkről az alapvető adatokon túl, csak annak absztraktját közli. Más kérdés, hogy számos cikk azonban ingyenesen hozzáférhető a PubMed részeként működő PubMed Central-ba mutató link segítségével. Összességében tehát az NCBI a élettudományok területén dolgozó kutatók egyik leggyakrabban használt adatbázisa, amellyel minden erre a pályára készülő diáknak ajánlott megismerkednie.
Dr. Varga-Orvos Zoltán
Oktatási felelős